یکی از چشم‌اندازهای اصلی این کنگره، ترویج همکاری‌های بین‌رشته‌ای است. میکروبیوم به‌طور مستقیم با شاخه‌های مختلف علوم مانند پزشکی، بیوشیمی، کشاورزی، محیط زیست و علوم پایه مرتبط است و تحقیقات در این زمینه نیاز به همکاری گسترده بین رشته‌های مختلف دارد.

یکی از اهداف بلندمدت کنگره‌های میکروبیوم توسعه درمان‌های نوین است که به واسطه شناخت بهتر میکروبیوم و تعامل آن با بدن انسان بهبودی در بیماری‌های مختلف از جمله بیماری‌های گوارشی، متابولیک، عصبی و حتی سرطان‌ها حاصل شود.با استفاده از داده‌های مربوط به میکروبیوم هر فرد، درمان‌های شخصی‌سازی شده می‌توانند به‌طور خاص برای هر فرد طراحی شوند. این به افراد کمک می‌کند تا به درمان‌های مؤثرتری دست یابند که با نیازهای ژنتیکی و میکروبیوم آنها سازگار است.